వై.ఎస్. జగన్ కంపెనీల్లో పెన్నా ప్రతాపరెడ్డి పెట్టుబడులు పెట్టినట్లు సిబీఐ అభియోగం మోపింది. తాజాగా పెన్నా ప్రతాపరెడ్డిని సిబీఐ దిల్ కుషా గెస్ట్ హౌస్ లో రెండు రోజులపాటు విచారించింది. వై.ఎస్. ప్రభుత్వంలో మార్చి 12, 2008లో అనంతపురం జిల్లా తలారి చెరువు గ్రామంలో 264 ఎకరాల సున్నపురాయి నిక్షేపాలు,  రంగారెడ్డి జిల్లాలో 548 ఎకరాల మైనింగ్ లీజు, కర్నూలు జిల్లాలో 807 ఎకరాల సున్నపురాయి ప్రోసెసింగ్ లైసెన్స్ మంజూరు చేసింది. దీనికి ప్రతిఫలంగా పెన్నా ప్రతాపరెడ్డి వై.ఎస్. జగన్ కంపెనీల్లో భారీగా పెట్టుబడులు పెట్టిందనే అభియోగంపై ప్రతాపరెడ్డిని సిబీఐ విచారించింది. విశాఖపట్నంజిల్లాలో వేలకోట్ల రూపాయల విలువచేసే బాక్సైట్ నిక్షేపాలను ఆన్ రాక్ అనే సంస్థకు అప్పగించింది వై.ఎస్. ప్రభుత్వం. ఆన్ రాక్ ప్రాజెక్టులో పెన్నా ప్రతాపరెడ్డి కీలక భాగస్వామిగా ఉన్నారు. పెన్నా ప్రతాపరెడ్డి వై.ఎస్. ప్రభుత్వ హయాంలో భారీ ప్రాజెక్టులను సొంతం చేసుకుందని సిబీఐ ఆరోపణ.